Kerngebiete sind das 767 Hektar große, mit dem Europadiplom des Europarates ausgezeichnete "Wollmatinger Ried-Untersee-Gnadensee" und der ca. 1.000 Hektar große Lebensraumverbund "Westlicher Untersee". Auf über 2.500 Hektar Schutzgebietsfläche werden Gebietskontrollen, Erfassungen der Tier- und Pflanzenbestände, Biotopmanagement sowie Schutz- und Pflegemaßnahmen durchgeführt.
Die wichtigste Aufgabe der Zentren ist der Schutz und die lebendige Weiterentwicklung unserer natürlichen Umwelt als Heimat zahlreicher Tiere und Pflanzen, in der auch wir Menschen Ruhe, Kraft und Entspannung finden können.
Das im Oktober 2018 neu eröffnete NABU-Bodenseezentrum (zusammengefasst aus den bishigerigen NABU-Zentren Wollmatinger Ried und Mettnau sowie der Bezirksgeschäftsstelle Donau-Bodensee) präsentiert im Hauptgebäude eine Dauerausstellung, die bildstark in die Naturerlebniswelt zwischen Bodenseeufer und Hegau einführt.
